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6.
一个基于PHG平台的并行有限元生物分子模拟解法器
许竞劼, 谢妍, 卢本卓
数值计算与计算机应用
2016, 37 (1):
67-82.
DOI: 10.12288/szjs.2016.1.67
本文介绍一个面向生物分子模拟的并行有限元解法器, 该解法器基于三维并行自适应有限元软件平台PHG, 计算并模拟在生物溶液系统在静电场下的扩散过程. 该解法器的最新版本在已有算法的基础上, 添加了整体求解、含时求解等一些新算法, 规范并扩展了边界条件的选取, 并整合多项辅助功能,现提供对于~Poisson-Nernst-Planck (PNP) 方程的两个含时算法和四个稳态算法,以及对于~Smoluchowski-Poisson-Boltzmann (SPB) 方程的一个稳态算法. 解法器可模拟生物分子, 离子通道和纳米管等模型, 通过有限元方法计算静电场和离子浓度分布, 并计算电流强度、反应速率等物理量, 可研究离子通道的选择机理, 酶的催化反应过程及反应速率等问题. 相关软件、工具和进展见www.continuummodel.org.
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